С Большим театром Геннадия Рождественского связывают долгие годы сотрудничества. В 1951 г. он, студент кафедры оперно-симфонического дирижирования Московской консерватории, дебютировал в Большом: дебютным спектаклем стала «Спящая красавица» П. Чайковского. В 1951-60 гг. и 1978-82 гг. Г. Рождественский был дирижером театра. В 1965-70 гг. занимал пост главного дирижера, в течение юбилейного сезона 2002/01 осуществлял художественное руководство театра. На сцене Большого отмечал свой 80-летний юбилей. Яркими событиями в истории Большого театра остаются осуществленные им постановки балетов «Конек-горбунок» Р. Щедрина, «Щелкунчик П. Чайковского», «Кармен-сюита» Ж. Бизе — Р. Щедрина, «Спартак» А. Хачатуряна, опер «Человеческий голос» Ф. Пуленка, «Катерина Измайлова» Д. Шостаковича, «Сон в летнюю ночь» Б. Бриттена, «Обручение в монастыре» С. Прокофьева (среди недавних премьер под руководством Г. Рождественского — новая постановка «Царской невесты», осуществленная в 2014 г.).
В концертном цикле «Большие дирижеры в Большом» Геннадий Рождественский представляет «чешскую» программу.
Со второй половины XIX века усилились культурные связи России и Чехии: в 1860-е гг. Балакирев осуществил в Праге постановку опер Глинки; приезд Чайковского в чешскую столицу в 1888 г. был настоящим триумфом русского композитора. Большой успех сопровождал и Дворжака в его гастрольных концертах в Петербурге; лучшие оперы классика ХХ века Леоша Яначека («Катя Кабанова» и «Из Мертвого дома») основываются на выдающихся произведениях русской литературы.
Замысел Девятой симфонии («Из Нового Света») Антонина Дворжака (1893 г.) относится уже ко времени пребывания композитора в США, куда он был приглашен в качестве директора консерватории Нью-Йорка (там же был написан и виолончельный концерт, получивший не меньшую популярность). В водовороте нью-йоркской жизни, в путешествиях по американским прериям композитор мысленно возвращался к образам далекой родины; тем не менее, глубоко впечатливший композитора американский фольклор (включая духовные песни американских негров и обработанный Лонгфелло индейский эпос «Гайавата») отразился на музыке его последней симфонии, в которой «новый» и «старый» Свет сплетены воедино в масштабной симфонической конструкции.
«Глаголическая месса» для солистов, хора, оркестра и органа (1926 г.) — одно из самых масштабных сочинений Яначека, написанное на полный текст католической литургии, но переведенный на старославянскую «глаголицу» (в Моравии, откуда композитор был родом, была издавна сильна кирилло-мефодиевская традиция). Глубоко религиозный человек, бывший органист и регент собора св. Августа в Брно, Яначек вложил в свое произведение всю искренность и глубину своего чувства, однако рассчитывал на концертное исполнение . Состояние религиозного благоговения, преклонение человека перед величием Творца и Мира сочетаются в мессе с яркими «оперными» эффектами, смелым и необычным смешением хоровых, оркестровых и органных красок. Музыкальный язык мессы опирается на национальные источники чешского фольклора и западнославянского церковного пения.
В 2007 г. «Глаголическая месса» Яначека исполнялась в рамках абонемента Большого театра в Большом зале Московской консерватории. На этот раз она прозвучит на Исторической сцене с участием хора Большого театра (главный хормейстер — народный артист России Валерий Борисов) и солистов оперной труппы — Анны Нечаевой, заслуженной артистки России Елены Манистиной и заслуженного артиста России Петра Мигунова, а также приглашенного солиста Академического камерного музыкального театра им. Б. Покровского Игоря Вялых. Партию органа исполнит лауреат Международного органного конкурса им. О. Янченко Федор Строганов.